微软在Dos和Windows系列操作系统前后曾使用了6种不同的文件系统，FAT12、FAT16、FAT32、NTFS、NTFS5.0和WINFS，现在的CF卡以及SD卡等闪存卡大部分都可以支持FAT16和FAT32，那么我们究竟应该用FAT16还是FAT32呢？

　　在说明FAT文件系统之前，我们必须清楚FAT是什么？FAT(File Allocation Table)是“文件分配表”的意思。顾名思义，就是用来记录文件所在位置的表格，它对于硬盘的使用是非常重要的，假若丢失文件分配表，那么硬盘上的数据就会因无法定位而不能使用了。

一、FAT16文件系统
　　FAT16使用了16位的空间来表示每个扇区(Sector)配置文件的情形，故称之为FAT16。
FAT16由于受到先天的限制，因此每超过一定容量的分区之后，它所使用的簇(Cluster)大小就必须扩增，以适应更大的磁盘空间。所谓簇就是磁盘空间的配置单位，就象图书馆内一格一格的书架一样。每个要存到磁盘的文件都必须配置足够数量的簇，才能存放到磁盘中。FAT16各分区与簇大小的关系如下表：

　　如果你在一个1000MB的分区中存放50KB的文件，由于该分区簇的大小为16KB，因此它要用到4个簇才行。而如果是一个1KB的文件，它也必须使用一个簇来存放。那么每个簇中剩下的空间可否拿来使用呢？答案是不行的，所以在使用磁盘时，无形中都会或多或少损失一些磁盘空间。
　　由上可知，FAT16文件系统有两个最大的缺点：
　　（1）磁盘分区最大只能到2GB。FAT16文件系统已不能适应当前这种大容量的硬盘，必须被迫分区成几十甚至几百个磁盘空间。而分区磁盘的大小又牵扯出簇的问题来，可谓影响颇大。

　　（2）使用簇的大小不恰当。试想，如果一个只有1KB大小的文件放置在一个1000MB的磁盘分区中，它所占的空间并不是1KB，而是16KB，足足浪费了15KB。

　　以上这两个问题常常使得用户在“分多大的分区，才能节省空间，同时又可使硬盘的使用更加方便有效”的抉择中徘徊不定。

二、FAT32文件系统
　　为了解决FAT16存在的问题，开发出FAT32系统。FAT32使用了32位的空间来表示每个扇区(Sector)配置文件的情形。利用FAT32所能使用的单个分区，最大可达到2TB(2048GB)，而且各种大小的分区所能用到的簇的大小，也是恰如其分，上述两大优点，造就了硬盘使用上更有效率。现将与分区与簇的大小汇整如下，我们可仔细做个比较：

FAT16和FAT32的对比：

　　以当前硬件所能支持的情况下，如将8GB硬盘划分为单个分区的话，使用的簇的大小也只有4KB，比起以往的FAT16来说，真是节省了许多空间。

　　FAT32就是微软为了取代FAT16而开发出的又一种文件管理系统，FAT32最大可支持2TB(2048GB)，对磁盘空间的管理也优于FAT16。

　　 FAT32是比FAT16更先进、性能更好的文件管理系统，不过闪存卡毕竟还不是硬盘，主流容量目前还不是特别高，由于有相当一部分数码相机仅支持FAT16，因此如果有移动存储器、或者在掌上电脑、移动影音等设备需要使用FAT32，在数码相机上使用FAT16（可支持FAT32的用FAT32）；大容量闪存卡用FAT32，小容量闪存卡用FAT16。